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研究成果

 近几年实验室成员在lncRNA特征挖掘及数据库建设、石墨烯纳米生物传感技术方面取得重大突破,在Nature Communications、Nucleic Acids Research等国内外核心期刊发表研究论文200余篇,其中SCI收录论文150余篇;获山东省自然科学三等奖1项,山东省科技进步三等奖1项,山东省发明创业二等奖1项,山东省青年科技奖1项,山东省级教学成果一等奖和二等奖各1项,山东省高校优秀科研成果奖10余项;主持承担国家级和省部级科研课题40余项。

部分代表性论文

1. Xu Shicai, Zhan Jian, Man Baoyuan et al. Real-time reliable determination of binding kinetics of DNA hybridization using a multi-channel graphene biosensor. Nature communications, 8, 14902, 2017.
2. Zhou Bailing, Zhao Huiying, Yu Jiafeng et al. EVLncRNAs: a manually curated database for long non-coding RNAs validated by low throughput experiments. Nucleic Acids Research, 46, D1, 2017.
3. Xu Shicai, Man Baoyuan, Jiang Shouzhen et al. Graphene/Cu nanoparticle hybrids fabricated by chemical vapor deposition as surface-enhanced Raman scattering substrate for label-free detection of adenosine. ACS Applied Materials and Interfaces, 7, 10977, 2015.
4. Yu Jia-Feng, Cao Zanxia, Yang Yuedong et al. Natural protein sequences are more intrinsically disordered than random sequences. Cellular and Molecular Life Sciences, 73, 2949-2957, 2016.
5. Xu Shicai, Jiang Shouzhen, Wang Jihua et al. Graphene isolated Au nanoparticle arrays with high reproducibility for high-performance surface-enhanced Raman scattering. Sensors and Actuators B: Chemical, 222, 1175-1183, 2016.
6. Ren Jing, Chen Liang, Jin Xiaoli et al. Solar radiation-associated adaptive SNP genetic differentiation in wild emmer wheat, Triticumdicoccoides. Frontiers in Plant Science, 8, 258, 2017.
7. Yu Jia-Feng, Dou Xianghua, Wang Hongbo et al. A novel cylindrical representation for characterizing intrinsic properties of protein sequences. Journal of Chemical Information and Modeling, 55, 1261-1270, 2015.
8. Hu Guodong, Ma Aijing Wang Jihua. Ligand selectivity mechanism and conformational changes in guanine riboswitch by molecular dynamics simulations and free energy calculations. Journal of chemical information and modeling, 57, 918-928, 2017.
9. Bian Yunqiang, Song Feng, Cao Zanxia et al. Fast folding pathways of the thrombin-binding aptamer G-quadruplex revealed by a Markov state model. Biophysical Journal, 148, 204107, 2018.
10. Xu Shicai, Jiang Shouzhen, Zhang Cao et al. Ultrasensitive label-free detection of DNA hybridization by sapphire-based graphene field-effect transistor biosensor. Applied Surface Science, 427, 1114-1119, 2018.
11. Bian Yunqiang, Song Feng, Yu Jiafeng et al. Exploration of the folding dynamics of human telomeric G-quadruplex with a hybrid atomistic structure-based model. The Journal of chemical physics, 148, 204107, 2018.
12. Cao Zanxia, Bian Yun qiang, Hu Guodong et al. Bias-exchange metadynamics simulation of membrane permeation of 20 amino acids. International journal of molecular sciences, 19(3), 885, 2018.
13. Zhao Liling, Cao Zanxia, Bian Yun qiang et al. Molecular dynamics simulations of human antimicrobial peptide LL-37 in model POPC and POPG lipid bilayers. International journal of molecular sciences, 19, 1186,2018.
14. Yu Jia-Feng, Dou Xianghua, ShaYujie et al. DisBind: A database of classified functional binding sites in disordered and structured regions of intrinsically disordered protein. BMC bioinformatics, 18(1): 206, 2017.
15. Zhang Jun ye, Xu Shicai, Li Zhenhua et al. Sensitization of an optical fiber methane sensor with grapheme. Optical Fiber Technology, 37, 26-29, 2017.
16. Hu Guodong, Cao Zanxia, Xu Shicai et al. Revealing the binding modes and the unbinding of 14-3-3sigma proteins and inhibitors by computational methods. Scientific reports, 5, 16481, 2015.
17. Hu Guodong, Wang Jihua. Ligand selectivity of estrogen receptors by a molecular dynamics study. European Journal of Medicinal Chemistry, 74, 726-735, 2014.
18. Cao Zanxia, Liu Lei, Wang Jihua. Molecular mechanism of translocation and design of cell penetrating peptides based on molecular dynamics simulation. Chinese Science Bulletin, 59, 2160-2168, 2014.
19. Wang Jihua, Yang Yuedong, Cao Zanxia et al. The role of semidisorder in temperature adaptation of bacterial FlgM proteins. Biophys Journal, 105, 2598-2605, 2013.
20. Yu Jiafeng, Xiao Ke, Jiang Dongke et al. An integrative method for identifying the over-annotated protein-coding genes in microbial genomes. DNA research, 18, 435-449, 2011.

承担的部分课题:

1.融合多组学数据的原核基因组肽编码sORFs多维特征挖掘及预测,国家自然科学基金面上项目,2018-2021,65万
2.长非编码RNA序列结构特征信息挖掘及其预测方法研究,国家自然科学基金面上项目,2017-2020,65万
3.肿瘤靶向穿膜肽的选择性跨膜分子机制及其设计研究,国家自然科学基金面上项目,2017-2020,58万
4.固无序蛋白质(IDPs)特征信息挖掘及其预测方法发展,国家自然科学基金面上项目,2013-2016,81万
5. 应用于生物传感的脉冲涡旋晶格刻蚀图案化石墨烯研究,国家自然科学青年项目,2018-2020,24万
6. 结合关联分析与转录组测序发掘野生二粒小麦条锈病抗性基因,国家自然科学青年项目,2018-2020,25万
7.量子度量学在生物磁感应中的应用,国家自然科学青年项目,2018-2020,25万
8. 碱基金属-有机框架材料的合成、表征及药物运输作用的研究,国家自然科学青年项目,2018-2020,23万
9. 用于定量分析的石墨烯/金属纳米阵列增强拉曼基底的研究,国家自然科学基金青年项目,2017-2019,22万
10. Tip49a/Tip49b及其相关复合物的冷冻电镜结构研究,国家自然科学基金青年项目,2016-2018,20万
11. DNA G-quadruplex折叠热力学和动力学的多尺度模拟研究,国家自然科学基金青年项目,2016-2018,20万
12. 基于复合体结构预测的全基因组RNA结合蛋白发现新方法及其应用, 国家自然科学青年项目,2016-2016,20万
13. 蛋白-药物小分子解离过程的动力学研究,国家自然科学青年项目,2015-2017,21万
14. 基于不同类型基因组蛋白质编码基因共性信息挖掘的微生物基因组重注释,国家自然科学青年项目,2014-2016,25万
15. 量子点耦合系统的输运及耗散动力学,国家自然科学青年项目,2014-2016,25万
16. 基于复合体结构预测的全基因组RNA结合蛋白发现新方法及其应用, 国家自然科学青年项目,2016-2016,20万
17. 深海放线菌Streptomyces sp.SCSIO 3406来源的海酮霉素的生物合成研究,国家自然科学青年项目,2014-2016,25万
18. 节水栽培模式下小麦胚乳蛋白体发育与籽粒谷蛋白大聚合体形成的关系机制研究,国家自然科学基金面上项目,2013-2016,85万
19. 固有无序蛋白多维特征挖掘及预测,山东省自然科学基金重点项目,2016-2019,30万
20. “山东省泰山学者海外特聘教授”专项资金,山东省人民政府,2015-2020,200万
21. “山东省泰山学者青年专家”专项资金,山东省人民政府,2016-2021,100万

专利及成果转化:

1. 黄伞液体菌种拌菌栽培工艺,ZL 201410155664.5,2016
2. 一种色酚AS及其衍生物生产废水处理并回收其中有用物质的方法,ZL 201310237513.X,2015
3. 一种长寿花叶片扦插快繁的方法,ZL 201510005454.2,2017
4. 给毛细管内壁涂层电动增压在线富集毛细管电泳分离芳香族羧酸,ZL 201310237952.0,2015
5. 黄伞复合保健饮料制备方法,ZL 201410155665.X,2016
6. 一种白背三七水培扦插快速生根的方法,ZL 201410590348.6,2017
7. 变频生物效应电磁铁系统,转化单位:国网河南省电力公司新乡供电公司。
8. 离子注入棉花育种,转化单位:山东鑫秋种业科技有限公司
9. 发明专利“三相电路实验仪”,转让单位:德州市凯雷代理咨询有限公司
10. 发明专利“漂浮式河渠水流速测量仪”,转让单位:青岛国智精达知识产权代理有限公司
11. 发明专利“太阳能热水器的发电转换装置”,转让单位:国内各地多个受让人
12. 发明专利“半导体制冷温差发电实验仪”,转让单位:杭州精科仪器有限公司
13. 发明专利“省时省电的电磁灶”,转让单位:广东高航知识产权运营有限公司

部分科研获奖: 

1. 生物分子的物理特性研究,山东省科学技术奖三等奖,2010
2. 第十一届山东省青年科技奖,2017
3. 基于几何可视化模型的生物序列固有特征分析方法及应用,山东省高等学校优秀科研成果奖二等奖,2017
4. 石墨烯表面增强拉曼基底的研究,山东省高等学校优秀科研成果奖二等奖,2017
5. 基于多种分子动力学模拟方法研究疾病相关无序蛋白,山东省高等学校优秀科研成果奖三等奖,2017
6. 基于物理电子技术的系列高校实验设备研发,山东省高等学校科学技术奖二等奖,2016
7. 石墨烯可饱和吸收体的制备及在超快激光中的应用研究,山东省高等学校优秀科研成果奖三等奖,2015
8. 乳腺癌相关蛋白及其复合物结构功能关系的分子动力学模拟研究,山东省高等学校优秀科研成果奖三等奖,2015
9. 茴香种质创新与新品种选育推广,山东省高等学校优秀科研成果奖二等奖,2014
10. 固有无序蛋白质及其复合物序列结构功能关系的研究,山东省高等学校优秀科研成果奖三等奖,2014
11. 系列发明专利,山东省发明创业奖二等奖,2013


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