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我校在Nucleic Acids Research发布功能性长非编码RNA数据库升级版(EVLncRNAs 2.0)
2020-11-24 15:10  

近日,我校山东省生物物理重点实验室王吉华教授带领团队在国际顶级期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)发表论文,题为“一个升级版的低通量实验验证功能性长非编码RNA数据库EVLncRNAs 2.0” (EVLncRNAs 2.0: an updated database of manually curated functional long non-coding RNAs validated by low-throughput experiments),创建了一个升级版实验验证综合长非编码RNA数据库,包含了124个物种、1082种疾病等相关的4010个实验证实的功能性长非编码RNA,并研究了长非编码RNA的物种分布、与癌症和其他疾病的关系,以及与其他生物大分子的相互作用信息等,这是迄今为止国际上实验验证最全功能性长非编码RNA数据库,对长非编码RNA特征提取、预测器发展和新功能认识具有重要意义。

王吉华教授为该论文通讯作者。第一作者是青年教师周百灵博士,季保华副教授为文章并列第一作者。澳大利亚格里菲斯大学周耀旗教授是共同通讯作者。

长非编码RNA是当前生命科学前沿研究热点,在表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多生命活动中发挥重要作用,具有重要的生物功能,与癌症、老年痴呆、自闭症等人类许多重要疾病的发生、发展密切相关,对生命过程和疾病的机理研究至关重要,对疾病新的生物标记物和药物靶点的发现具有重要实际意义。

功能性长非编码RNA数据库是全面深入开展长非编码RNA研究的重要基础。王吉华教授带领团队于2018年在《核酸研究》(Nucleic Acids Research)上发表了实验验证综合长非编码RNA数据库EVLncRNAs 1.0。自EVLncRNAs 1.0发表以来,已被中国、美国、德国、英国、法国、意大利、澳大利亚、巴西、日本、韩国等60多个国家的研究工作者访问了10000多次;论文被国际权威期刊引用39次;EVLncRNAs被美国科学家Bandrowski和法国科学家Arnaud Desfeux建设的组学航母在线收录;非编码著名网站lncRNABlog专门报道评论“EVLncRNAs是目前世界上实验证实最大长非编码RNA数据库”。

EVLncRNAs 2.0是EVLncRNAs 1.0数据库的升级版。王吉华教授组织了三十多人组成的研究团队,经过三年多潜心研究,与国内外学者合作,综合运用多种手段持续不断挖掘功能性长非编码RNA,并对长非编码RNA的新特征、新功能等进行分析研究,不断丰富和发展数据库的内容、功能和各种信息并最终完成。

该综合数据库收录了来源于124个物种的4010个长非编码RNA,并提供了每个长非编码RNA的基本信息、功能信息、相关疾病信息、与其他生物大分子的相互作用信息等,还新提供了结构信息、编码小肽的信息、外泌体相关信息、环形RNA信息和对药物、化学物质等的抗性信息,构建了长非编码RNA与其他生物大分子、疾病的交互式相互作用网络。这些全面可靠的数据信息,对长非编码RNA特征提取、预测方法发展和新功能认识,乃至重大疾病和精准医疗的研究具有重要意义。

生物物理省重点实验室扈国栋、王菲、陈清帅、刘奎、于茹、黄平平、任景等青年教师以及中山大学杨跃东教授、赵慧英研究员也参与了相关研究工作。该研究成果得到了国家自然科学基金项目等多项课题的资助。

EVLncRNAs 2.0数据库界面




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